Hlavným poslaním Iniciatívy Inakosť je ochrana ľudských práv a základných slobôd občanov s homosexuálnou orientáciou a zastupovanie menšiny gejov a lesbických žien v Slovenskej republike. Iniciatíva Inakosť sa snaží o pozitívne zviditelňovanie GLB menšiny ako rovnocennej súčasti slovenskej a európskej spoločnosti.